На одном из японских островов расположено учебное заведение, отличающееся от других своей уникальностью. Здесь, в Академ-сити, обучаются подростки, обладающие невероятными способностями, которые не доступны остальным представителям человечества. Но даже в этой академии есть класс, который выделяется на фоне остальных. В нём учащиеся проходят специальную правительственную программу, занимающуюся развитием «эсперов» - студентов, обладающих пятым уровнем способностей. В этом учебном коллективе есть девушка, которую зовут Мисака Микото. Она в совершенстве владеет умением управлять электрической энергией огромной мощности, за что и получила прозвище «Рэйлган». Она способна создавать барьеры, преодолеть которые никто не в состоянии. Однажды, Мисака замечает, что в городе происходят настораживающие события, которые подчинены определённой закономерности. При этом, подобные явления напрямую связаны с невероятной по мощи силой «Повышателя уровня».