Японец Окадзима Рокуро – представитель офисного планктона крупной компании. Руководство посылает его передать таинственный диск в Южно-Китайское море. Чтобы завладеть информацией с диска, корабль захватывают пираты, а самого Рокуро берут в заложники с целью выкупа. Однако корпорация решает устранить данные, пиратов и лишнего свидетеля. Рокуро объединяется с членами экипажа, чтобы выжить, и остаётся на борту торпедного катера «Чёрная Лагуна».
Пираты: вспыльчивая девушка-стрелок Реви, компьютерный гений Бенни и рассудительный капитан Датч также являются работниками грузовой компании «Лагуна», которая иногда нарушает закон. Рокуро, получивший прозвище Рок, вливается в штат, работая переводчиком и ведя переговоры.
Офис команды находится в Таиландском портовом городе Роанапуре, где комфортно себя чувствует и русская мафия из «Отеля Москва», и члены китайской Триады, и монахини из Церкви Насилия, поставляющей наркотики и оружие. Пиратов «Чёрной Лагуны» ждёт множество заданий и опасных, но увлекательных приключений.