Добро пожаловать в класс превосходства 2

Сюжет разворачивается в будущем Токио. Правительство решает основать для подростков элитное учебное заведение, где они смогут научиться делать верные решения и справляться с трудностями взрослой жизни. Основным правилом школы стало предоставление студентам полной свободы действий. Никому из работников не разрешалось контролировать студентов. Им позволялось делать всё, что пожелают. Ребята могли почувствовать себя взрослыми и состоявшимися людьми, свободными от опеки родителей.

Одним из учеников недавно открывшегося заведения стал Киотоки Аянокодзи. Он обладал скромным характером, и часто замыкался в себе, поэтому чувствовал себя неуютно на фоне остальных уверенных в себе подростков. Все попытки юноши обзавестись новыми товарищами среди элиты заканчивались провалами, поэтому он рисковал получить звание изгоя. Но однажды преподаватель решил перевести героя в класс Д, где учились недавно зачислившиеся ученики. Жизнь Киотоки изменилась. Там он познакомился с Сузунэ Хорикатой и Кики Кушидой. Вскоре троица стала близкими друзьями. Объединившись, они решили показать остальным, что их территорией является класс превосходства.