Покемоны стали довольно разумными созданиями. Некоторые из них даже умеют разговаривать. Все они разные и каждый из них обладает уникальными необычными способностями. Это зависит от того, к какой стихии относится тот или иной покемон. Встречаются создания, умеющие управлять огнем или водой. Свои способности они используют в оборонительных целях, не желая при этом причинять вред людям, с которыми они прекрасно соседствуют и уживаются.
Такие необычные создания как покемоны, стали интересны одному гениальному ученому. И с помощью них он решает создать живое оружие, которое позволит ему подчинить весь мир. Он крадет ресничку, упавшую с глаз Мью и создает нового покемона, которого он называет Мьюту. Ученый планирует из него сделать оружие, но последний узнает об этом и сбегает из лаборатории. А чуть позже покемон Мьюту начинает сам думать о том, как ему погубить все человечество. Противостоять ему пытаются те, кто стал отдельным видом, пройдя определенный этап эволюции.